Vào thời Trần, đề tài hoa sen vẫn được kế tục khai thác như trong tạo hình thời Lý. Đáng chú ý, trên một số gốm hoa nâu thời này xuất hiện các đồ án hoa sen với phong cách hiện thực sinh động. Một điều duy nhất để phân biệt là: các hoa văn trong lòng cánh sen thời Lý đôi khi có hình rồng hoặc hoa dây, mà tời Trần hoàn toàn không có. Cánh sen thời Trần thường chỉ chạm thêm một đường gờ chìm viền theo mép cánh và ở trung tâm mỗi cánh đôi khi được điểm các hạt tròn trong một bố cục cân xứng khá chặt chẽ.
Đài sen thế kỷ 12 – 13
Đồ án hoa sen đỡ các vật thiêng thời Trần khá phong phú như đồ án đỡ chân chim phượng trên trán bia chùa Tổng (Hưng Yên), đỡ các hình lá đề trong đồ án ở chùa Thái Lạc, chùa Dâu (Bắc Ninh), ở các chân cột, cốn, nhất là ở cửa chùa Thái Lạc, đài sen đỡ phía dưới các tượng phỗng, một đề tài chuẩn của thời kỳ này. Trên các bệ tượng Phật của thời Trần đều chạm thành những đài sen lớn. Cánh sen có hai hoặc ba lớp, xen kẽ nhau, thể hiện thành những khối nổi, không còn chỉ là hoa văn nữa. Tuy nhiên cũng có những bệ lớp phía dưới cùng lại chỉ chạm nông thành một viền hoa văn trang trí, các cánh sen được chạm nối tiếp nhau vòng quanh bệ, hình thức thường to khỏe, chen khít giăng thành hàng dài nhiều khi thì bố cục nghiêng mà nhiều nhà nghiêng cứu gọi là cánh sen vẹo. Trong lòng các cánh sen thường chạm thêm những hình hoa kết hợp bởi các ô tròn.
Đồ án hoa sen cách điệu thành hoa dây được sử dụng khá nhiều trên kiến trúc của chùa Thái Lạc. Và có lẽ đây cũng là ngôi chùa duy nhất có đồ án trang trí này. Hoa sen chạy dài phía trước dưới đôi rồng đang trịnh trọng dâng chầu lá đề hay uốn lượn phía trên các “tầng mây”, nơi có hình các tiên nữ đầu người mình chim đang vừa múa vừa dâng hoa.
Hoa văn hoa sen trên gốm hoa nâu: Gốm hoa nâu được ra đời vào cuối thời Lý và phát triển mạnh ở thời Trần, gồm nhiều loại, kiểu dáng khác nhau. Có loại to như chậu, ang, thạp. Có loại nhỏ như chén, đĩa, liễn, … Hiện vật ngày nay còn lại ở một số bảo tàng như Bảo tàng Lịch sử, Bảo tàng Mỹ thuật hoặc các bảo tàng địa phương ở Hà Nội, Nam Định, Hải Dương, Hưng Yên, Thanh Hóa, Hà Tây, … Một số khác nằm ở các sưu tập tư nhân trong và ngoài nước. Trên các đồ gốm này thường được chia thành ô oặc thành băng để trang trí bằng cách dùng bút vẽ lên xương đất, sau đó tráng men và kẻ vạch rồi mới đem nung. Đề tài trang trí gồm nhiều loại mà trong đó hoa sen chiếm số lượng lớn. Hoa văn hoa sen có loại đơn giản, chỉ vẽ vạch mấy nét mà thành, như trường hợp một chiếc âu trong sưu tập của Bào tàng quốc gia Bỉ, phần lớn chúng được vẽ theo lối nhìn nghiêng, … Từ một cuống hoa ở dưới vươn lên rồi tiếp đến các cánh hoa đổ ra hai phía bọc quanh một đài gương ở giữa. Hai cánh trên cùng đang ôm lấy gương sen, hai cánh tiếp nở vươn rộng ra hai bên và hai cánh dưới cùng đổ xuống phía dưới. Đơn giản như vậy nhưng vì các cánh sen này không bị gò bó trong một khuôn mẫu đăng đối nào nên trông rất sinh động. Nét bút của nghệ nhân ở đây tung hoành thoải mái. Khi thì nhấn mạnh tạo một mảng đậm cho một cánh sen, lúc lại nâng cao lướt nhẹ mô tả một chi tiết của cuống hoa hay của búp sen. Mỗi ô một hoa, mỗi hoa một kiểu dáng, thường đứng riêng lẻ một mình hoặc kết hợp với một vài cây cỏ và búp sen. Đặc biệt có đồ án trên một chiếc tháp gốm của Bảo tàng Hải Dương, nghệ nhân còn vẽ thêm nhiều búp sen và lá sen nhiều kiểu dáng, có lá bố cục theo lối nhìn chính diện từ trên xuống thành cả mảng tròn to, thấy rõ cả chi tiết các gân lá. Ở một liễn men nâu ở Bảo tàng Lịch sử Hà Nội, hoa sen lại bố cục thành hoa dây uốn lượn cong tròn đều. Cứ mỗi ô trống là một hoa sen, bố cục theo lối nhìn nghiêng, cánh hoa đổ ra hai phía như ở các đồ gốm hoa nâu khác. Dây hoa này cỏ nhiều lá, có lá như một cánh sen, có lá lại giống lá của hoa cúc trông rất sinh động.